O Instituto Menino Deus foi fundado em 2 de janeiro de 1984, a partir do ideal do casal de educadores Edmilson Oliveira dos Santos e Maria da Graça Fernandes dos Santos, que sonhavam em oferecer uma proposta diferenciada de educação infantil, pautada em valores humanos e cristãos.
Em seus primeiros passos, a escola funcionava nas dependências de uma residência no conjunto Abolição I, oferecendo turmas de maternal, jardim e alfabetização. No primeiro ano de funcionamento, a instituição contava com 41 alunos matriculados; antes mesmo do encerramento do ano letivo, esse número já havia dobrado, evidenciando a receptividade da comunidade à proposta pedagógica apresentada.
Em 1985, o então Colégio Menino Deus ampliou suas atividades, implantando as séries iniciais do ensino fundamental — o antigo primário. A partir de então, novas turmas foram sendo criadas e, gradualmente, a escola passou a adquirir imóveis vizinhos, ampliando sua estrutura física para atender à crescente demanda. Todo esse processo de expansão foi viabilizado por meio de recursos próprios, obtidos através da venda de bens da família fundadora e da contratação de empréstimos junto a instituições financeiras.
O ano de 1993 marcou outro passo significativo: a implantação do antigo segundo grau, hoje conhecido como ensino médio. Com isso, a escola passou a oferecer formação completa da educação básica, da educação infantil ao ensino médio, consolidando-se como referência educacional na cidade de Mossoró-RN.
A proposta inicial do Colégio Menino Deus era atender às famílias residentes nos conjuntos Abolições e bairros adjacentes. No entanto, a qualidade do ensino oferecido e o comprometimento da equipe pedagógica ultrapassaram essas fronteiras. Hoje, o CMD acolhe alunos de diversos bairros de Mossoró, comunidades rurais e até de outros municípios da região Oeste do Rio Grande do Norte.
Ao longo de sua trajetória, o Colégio Menino Deus tem sido escolhido por famílias que acreditam no poder transformador da educação e confiam à instituição a missão de formar cidadãos comprometidos com o conhecimento, os valores e o futuro.